金门县政府是福建省泉州市金门县的行政机关，由台湾当局“行政院”管辖，受“行政院”派出机关福建省政府之督导，管辖台湾当局实际控制的位于台澎金马地区的福建省金门县。 金门县政府成立于民国四年（1915年），1949年10月大嶝乡归于中国大陆，1954年6月开始代管乌丘乡，1965年9月行政区划调整后辖3镇3乡。驻地位于金门县金城镇，抗日战争时期1937年至1945年一度迁驻大嶝岛。